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全国服务热线农村基础设施建设长期亏欠，因此很多农村污水处理工程项目不仅要建设室外排水设施（包括污水收集管道和污水处理设施），还可能会延伸到室内的卫生间改天博体育手机网页版造；
②中国有超过6亿人口在农村。所以，工程量巨大，施工复杂，这就增加了农村污水处理的工程量。
以村落为主要集聚形式的农村，其人口规模与居住密度都远低于城市。除土地成本以外，在相同出水水质要求下，污水处理设施的单位建设成本和运行成本普遍高于城市。农村污水处理工程在很多情况下是对现有村庄的改造，涉及对现有道天博体育手机网页版路和绿化等设施的破坏与恢复，从而使农村污水处理工程的单位造价大幅提升。总体而言，按人均或户均投入计算，农村污水处理的成本要高于城市污水处理的成本。
农村污水处理在管理功能上涉及基础设施、卫生健康、环境保护、水利与水源、农村与农业等多个方面，然而目前政府管理体制并未将污水处理系统的多个环节和多种功能按照不同政府部门的管理职能进行有机结合，农村污水处理同时存在条块分割、组织不力、监管缺位等现象。
此外，农村污水处理具有农村工作的一般性特征，与城市相比，农村情况复杂，农村居民的整体素质和基层干部的管理水平不及城市，使得农村污水处理组织实施的难度高于城市。因此，农村污水处理组织实施成本高于城市污水处理。
经费短缺一直是制约农村生活污水处理的难题。全国约有 60 万个建制村，其中很多村缺乏必要的环保设施，迫切需要资金支持。由于没有科学的集资机制和渠道，民间资金难以投入，单纯依靠财政预算，对于地方财政困难的特别是西部欠发达地区，难度极大。
我国农村污水治理工作起步较晚，对于污水治理的意识还是相对薄弱，同时也缺乏在农村污水处理技术方面的深入研究。有人提出借用国外的经验，尽管国外已经形成了一套先进的、成熟的污水治理体系，但是并不完全适用于我国农村现状。先进的污水处理技术不一定是最有效的，只有符合我国农村现状的高效低耗的污水处理技术才是好的。探索高效率、低投入、低运行成本，适用于分散农村污水处理的技术仍是我国农村污水治理的重要方向。
在目前的农村污水处理实践中，存在以下几种突出的规划问题，即过度依赖集中处理模式，忽视分散污水处理技术的应用；集中污水处理系统布局不合理，存在城乡分割、行政区划分割的现象；在农村分散污水处理中套用城市的规划技术，导致不恰当的污水处理规模和处理深度；对污水处理过程理解片面，管网建设和后期运维跟不上水厂规模，导致多数污水厂“建而不用”。
① 成本与技术误区。污水处理属于基础设施建设范畴，建成后的设施应能够正常运行，且使用寿命应保持在二、三十年以上。如因资金不足和急于求成导致无效建设，则是较大的浪费；相反，则是盲目的高投入，照搬城市污水收集处理的方式与技术模板，或试图以昂贵的设备投资和动力消耗来减少精细化管理的需求。
② “因地制宜”误区。农村污水处理过分强调并片面理解“因地制宜”，技术应用五花八门，导致生产制造、工程建设和运行管理均形不成规模效应，不利于降低投资与运行费用。尽管目前农村污水分散处理工艺、设备材料、运行管理等方面均不存在难以克服的技术难点，但一些常见的成熟工艺技术仍难以发挥应有的效果，这与生产制造、施工及服务质量控制不严有相当大的关系，从而极大地挫伤了政府投资分散污水处理的积极性，同时也制约了行业的健康发展。
大中型城镇污水处理厂的运行管理人员应具备相应的专业技能，且人员数量应满足污水处理厂的需要。但是，农村生活污水处理设施运行管理主体较多，既有乡镇政府、乡镇或流域水务站，也有村委会，权责不对等容易造成推诿扯皮、管理失效等现象。农村生活污水处理设施的管理人员多以当地村民为主，缺乏环保相关知识以及设备操作管理的相关技能，仅能负责设备的日常看护工作，难以胜任专业水平的系统维护，导致污水处理效果波动以及出水水质不达标等问题。
